Bioconductor R — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Это бесплатный проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания геномных данных, полученных в ходе влажных лабораторных экспериментов по молекулярной биологии.
Biopython - это коллекция некоммерческих инструментов Python с открытым исходным кодом для вычислительной биологии и биоинформатики, созданная международной ассоциацией разработчиков.
BioPerl представляет собой набор модулей Perl, которые облегчают разработку сценариев Perl для приложений биоинформатики
BioPHP представляет собой набор PHP-кода с открытым исходным кодом, с классами для анализа последовательности ДНК и белка, выравнивания, анализа базы данных и других инструментов биоинформатики.
BioMOBY - это реестр веб-сервисов, используемых в биоинформатике. Это обеспечивает функциональную совместимость между хостами биологических данных и аналитическими сервисами, аннотируя сервисы терминами, взятыми из стандартных онтологий.
BioJS - проект с открытым исходным кодом для данных биоинформатики.
BioJava - проект программного обеспечения с открытым исходным кодом, предназначенный для предоставления инструментов Java для обработки биологических данных.
BioRuby -это коллекция кода Ruby с открытым исходным кодом, включающая классы для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики. Он содержит классы для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания последовательностей, анализа биологических баз данных, структурной биологии и других задач биоинформатики.
VassarStats website, (Richard Lowry, Ph.D.) визуализатор в виде таблиц
Визуальная статистика для генетических расчетов в онлайн - таблицах (web, 7zip).
Расчет и работа с фенотипическими и геномными данными
Galaxy Воспроизводимый и прозрачный геномный анализ
KNIME является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом.
RapidMiner является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом
UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software
geWorkbench (genomics Workbench) — это программная платформа с открытым исходным кодом для интегрированного анализа геномных данных.
Молекулярно-эволюционный генетический анализ (MEGA) — это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев.
Математическая описательная статистика
SAS (ранее «Система статистического анализа») - это набор статистического программного обеспечения, разработанный Институтом SAS для расширенной аналитики, многомерного анализа, бизнес-аналитики, уголовного расследования, управления данными и прогнозной аналитики.
Orange - это компонентный программный пакет для визуального программирования для визуализации данных, машинного обучения, интеллектуального анализа данных и анализа данных
SOFA - Статистика открыта для всех, это удобная статистика с открытым исходным кодом, пакет дляанализа и печати отчетности
OpenStat - это бесплатное статистическое программное обеспечение / пакет общего назначения. Поддерживаются все версии Windows (Windows XP, Windows 7, Windows 8). Он также доступен для систем Linux (под Wine).
Scilab - это бесплатный кроссплатформенный вычислительный пакет с открытым исходным кодом и высокоуровневый, ориентированный на нумерацию язык программирования. Он может использоваться для обработки сигналов, статистического анализа, улучшения изображения, моделирования динамики жидкости, численной оптимизации и моделирования, моделирования явных и неявных динамических систем и (если установлен соответствующий инструментарий) символьных манипуляций.
SPSS Statistics - это программный пакет, используемый для интерактивного или пакетного статистического анализа.
Stata - это статистический программный пакет общего назначения. Большинство его пользователей работают в области исследований, особенно в области экономики, социологии, политологии, биомедицины и эпидемиологии.
UniProt - это свободно доступная база данных о последовательностях белков и функциональной информации, многие записи которой получены в результате проектов по секвенированию генома. Он содержит большое количество информации о биологической функции белков, полученной из научной литературы. Он поддерживается консорциумом UniProt, в состав которого входят несколько европейских организаций по биоинформатике и фонд из Вашингтона, округ Колумбия, США.
PDBj (Банк данных о белках в Японии) — это проектная группа, работающая в рамках совместной деятельности по использованию и исследованиям Института белковых исследований Университета Осаки. Мы поддерживаем единые глобальные архивы макромолекулярных структур PDB/BMRB/EMDB и предоставляем интегрированные инструменты в сотрудничестве с RCSB PDB в США, PDBe в ЕС, BMRB в США и EMDB в ЕС. PDBj поддерживается JST-NBDC и AMED-BINDS.
Expasy - биоинформационный портал анализа биологических молекул
Haploview — широко используемое программное обеспечение для биоинформатики, предназначенное для анализа и визуализации паттернов неравновесия по сцеплению (LD) в генетических данных.
NCBI - Национальный центр биотехнологической информации продвигает науку и здоровье, предоставляя доступ к биомедицинской и геномной информации.
EMBL - Европейская лаборатория молекулярной биологии.
ensembl — это геномный браузер для геномов позвоночных, поддерживающий исследования в области сравнительной геномики, эволюции, изменчивости последовательностей и регуляции транскрипции. Ensembl аннотирует гены, вычисляет множественные выравнивания, прогнозирует регуляторную функцию и собирает данные о заболеваниях. Инструменты Ensembl включают BLAST, BLAT, BioMart и Variant Effect Predictor (VEP) для всех поддерживаемых видов.
