Bioconductor R — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Это бесплатный проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания геномных данных, полученных в ходе влажных лабораторных экспериментов по молекулярной биологии.
Biopython - это коллекция некоммерческих инструментов Python с открытым исходным кодом для вычислительной биологии и биоинформатики, созданная международной ассоциацией разработчиков.
BioPerl представляет собой набор модулей Perl, которые облегчают разработку сценариев Perl для приложений биоинформатики
BioPHP представляет собой набор PHP-кода с открытым исходным кодом, с классами для анализа последовательности ДНК и белка, выравнивания, анализа базы данных и других инструментов биоинформатики.
BioMOBY - это реестр веб-сервисов, используемых в биоинформатике. Это обеспечивает функциональную совместимость между хостами биологических данных и аналитическими сервисами, аннотируя сервисы терминами, взятыми из стандартных онтологий.
BioJS - проект с открытым исходным кодом для данных биоинформатики.
BioJava - проект программного обеспечения с открытым исходным кодом, предназначенный для предоставления инструментов Java для обработки биологических данных.
BioRuby -это коллекция кода Ruby с открытым исходным кодом, включающая классы для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики. Он содержит классы для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания последовательностей, анализа биологических баз данных, структурной биологии и других задач биоинформатики.
VassarStats website, (Richard Lowry, Ph.D.) визуализатор в виде таблиц
Визуальная статистика для генетических расчетов в онлайн - таблицах (web, 7zip).
Расчет и работа с фенотипическими и геномными данными
Galaxy Воспроизводимый и прозрачный геномный анализ
KNIME является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом.
RapidMiner является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом
UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software
geWorkbench (genomics Workbench) — это программная платформа с открытым исходным кодом для интегрированного анализа геномных данных.
Молекулярно-эволюционный генетический анализ (MEGA) — это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев.
Mega - программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев. Программа разработана в Пенсильванском университете и активно используется в научных исследованиях. Программа позволяет строить и редактировать множественные выравнивания последовательностей, создавать филогенетические деревья разными методами, включая метод максимального правдоподобия, байесовский анализ и метод экономии. Также MEGA помогает анализировать генетические вариации, моделировать нуклеотидные замены и работать с различными генетическими кодами, включая стандартные и митохондриальные.
Structure - представляет собой комплекс программ для анализа генетической структуры популяций. Это набор инструментов, который помогает исследователям изучать генетическое разнообразие и родственные связи между различными группами организмов. В группу входят несколько основных программ: Основной анализатор использует байесовские методы для определения генетических групп внутри выборки. Программа анализирует частоты аллелей, выявляет подгруппы и определяет принадлежность отдельных особей к этим группам. CLUMPP — вспомогательная программа, которая помогает обрабатывать результаты разных запусков анализа. Она согласовывает и сравнивает полученные данные, делая их более надёжными. Distruct отвечает за визуализацию результатов. С её помощью исследователи могут наглядно представить, как особи распределяются по генетическим группам в виде понятных графиков и диаграмм. STRAT дополняет основной анализ статистическими инструментами, позволяя глубже изучать полученные данные. Программы особенно полезны в таких областях как: изучение генетического разнообразия природных популяций, исследования генетической структуры человеческих популяций анализ родственных связей между особями, судебно-медицинская экспертиза, поиск генетических маркеров заболеваний. Комплекс работает с различными типами генетических данных и может учитывать дополнительную информацию о выборках, такую как географическое происхождение или фенотипические характеристики особей.
Transcriptome assembler Software для сборки транскриптомов RNA-seq для 16 видов млекопитающих.
BFCounter — это программа для подсчета k-меров в данных секвенирования ДНК. Она использует особую структуру данных, называемую фильтр Блума, чтобы отфильтровывать уникальные k-меры, которые, вероятно, возникли из-за ошибок при секвенировании.
PLINK — это бесплатный инструмент для полногеномного анализа ассоциаций, который используется для обработки и анализа генетических данных. Программа была разработана Шоном Перселлом и впервые выпущена в 2007 году. На сегодняшний день PLINK является одним из самых популярных и комплексных инструментов для анализа генетических данных.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) — инструмент для поиска сходств в нуклеотидных и белковых последовательностях. Программа позволяет находить похожие последовательности в базах данных, определять гомологию белков, анализировать эволюционные связи и изучать функции неизвестных последовательностей. Существует несколько специализированных вариантов поиска, которые расширяют возможности базового BLAST. SmartBLAST помогает искать белки, имеющие высокое сходство с исходной последовательностью. Primer-BLAST используется для разработки специфических праймеров для ПЦР. С его помощью можно проверять специфичность праймеров, искать потенциальные мишени, анализировать отжиг и оценивать неспецифическое связывание. Global Align предназначен для полного выравнивания двух последовательностей методом Нидлмана-Вунша. CD-search позволяет находить консервативные домены в последовательности. IgBLAST специализируется на анализе последовательностей иммуноглобулинов и Т-клеточных рецепторов. VecScreen проверяет последовательности на наличие контаминации векторами. CDART ищет последовательности со схожей архитектурой консервативных доменов. Multiple Alignment выполняет множественное выравнивание с учётом доменных и белковых ограничений.
Математическая описательная статистика
SAS (ранее «Система статистического анализа») - это набор статистического программного обеспечения, разработанный Институтом SAS для расширенной аналитики, многомерного анализа, бизнес-аналитики, уголовного расследования, управления данными и прогнозной аналитики.
Orange - это компонентный программный пакет для визуального программирования для визуализации данных, машинного обучения, интеллектуального анализа данных и анализа данных
SOFA - Статистика открыта для всех, это удобная статистика с открытым исходным кодом, пакет дляанализа и печати отчетности
OpenStat - это бесплатное статистическое программное обеспечение / пакет общего назначения. Поддерживаются все версии Windows (Windows XP, Windows 7, Windows 8). Он также доступен для систем Linux (под Wine).
Scilab - это бесплатный кроссплатформенный вычислительный пакет с открытым исходным кодом и высокоуровневый, ориентированный на нумерацию язык программирования. Он может использоваться для обработки сигналов, статистического анализа, улучшения изображения, моделирования динамики жидкости, численной оптимизации и моделирования, моделирования явных и неявных динамических систем и (если установлен соответствующий инструментарий) символьных манипуляций.
SPSS Statistics - это программный пакет, используемый для интерактивного или пакетного статистического анализа.
Stata - это статистический программный пакет общего назначения. Большинство его пользователей работают в области исследований, особенно в области экономики, социологии, политологии, биомедицины и эпидемиологии.
UniProt - это свободно доступная база данных о последовательностях белков и функциональной информации, многие записи которой получены в результате проектов по секвенированию генома. Он содержит большое количество информации о биологической функции белков, полученной из научной литературы. Он поддерживается консорциумом UniProt, в состав которого входят несколько европейских организаций по биоинформатике и фонд из Вашингтона, округ Колумбия, США.
PDBj (Банк данных о белках в Японии) — это проектная группа, работающая в рамках совместной деятельности по использованию и исследованиям Института белковых исследований Университета Осаки. Мы поддерживаем единые глобальные архивы макромолекулярных структур PDB/BMRB/EMDB и предоставляем интегрированные инструменты в сотрудничестве с RCSB PDB в США, PDBe в ЕС, BMRB в США и EMDB в ЕС. PDBj поддерживается JST-NBDC и AMED-BINDS.
Expasy - биоинформационный портал анализа биологических молекул
Haploview — широко используемое программное обеспечение для биоинформатики, предназначенное для анализа и визуализации паттернов неравновесия по сцеплению (LD) в генетических данных.
NCBI - Национальный центр биотехнологической информации продвигает науку и здоровье, предоставляя доступ к биомедицинской и геномной информации.
EMBL - Европейская лаборатория молекулярной биологии.
ensembl — это геномный браузер для геномов позвоночных, поддерживающий исследования в области сравнительной геномики, эволюции, изменчивости последовательностей и регуляции транскрипции. Ensembl аннотирует гены, вычисляет множественные выравнивания, прогнозирует регуляторную функцию и собирает данные о заболеваниях. Инструменты Ensembl включают BLAST, BLAT, BioMart и Variant Effect Predictor (VEP) для всех поддерживаемых видов.
Ensembl Metazoa — это специализированная база данных, которая предоставляет доступ к геномным данным беспозвоночных животных (непозвоночных метазоа). Она является частью проекта Ensembl Genomes, который включает несколько порталов для разных таксономических групп (бактерии, протисты, грибы, растения и беспозвоночные метазоа).
UCSC - Genome Browser представляет собой веб-приложение для визуализации и анализа геномных данных различных организмов. База данных содержит геномные последовательности более 100 видов животных и множество аннотированных треков. Основные функции включают визуализацию геномных последовательностей, анализ аннотаций, сравнительную геномику, поиск последовательностей и работу с пользовательскими данными. Типы треков охватывают геномные последовательности и их предсказания, данные об экспрессии генов, информацию о фенотипах, данные о мРНК и EST, регуляторные элементы, сравнительную геномику, вариации последовательностей и повторяющиеся элементы. Инструменты анализа представлены BLAT (для быстрого выравнивания последовательностей), Table Browser (для извлечения специфических данных), Custom Tracks (для загрузки пользовательских данных) и Saved Sessions (для сохранения и обмена результатами).
Bovine Genome Database (BGD) — это специализированная база данных для исследований генома крупного рогатого скота, созданная в 2010 году. В базе данных используются такие инструменты, как JBrowse для просмотра генома, Apollo для аннотации генома, BovineMine для интеллектуального анализа данных, BLAST для поиска последовательностей и LSAA для выявления ошибок сборки генома и структурных вариаций. База данных содержит новейшую сборку референсного генома ARS-UCD1.2, предыдущую версию UMD3.1.1, данные о геномах и аннотациях генов для других жвачных животных (козы и овцы), информацию о количественных признаках (QTL), данные об ортологах и информацию о путях взаимодействия генов. BovineMine — ключевой инструмент базы, который объединяет геномные данные, информацию о генах, уровни экспрессии генов, последствия вариантов и внешние источники данных (ортологии, генную онтологию). Особенность базы в том, что она позволяет исследователям без навыков программирования создавать собственные интегрированные наборы данных для последующего анализа. BGD активно развивается и регулярно обновляется, предоставляя всё более широкие возможности для изучения генома крупного рогатого скота.
BeeBase представляла собой онлайн-базу биоинформатических данных, посвящённую европейской медоносной пчеле Apis mellifera и некоторым её патогенам. База была создана в сотрудничестве с Консорциумом по секвенированию генома медоносных пчёл. В BeeBase содержались различные биологические данные и сервисы. Среди них — информация о последовательностях ДНК и белков, официальный набор генов пчелы, браузер генома, карты связей и сервер для поиска генома медоносной пчелы с помощью BLAST.
RefSeq и Gene — это специализированнst база данных, созданная Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) США. Она представляет собой тщательно отобранную и аннотированную коллекцию референсных последовательностей генов, геномов, транскриптомов и протеомов различных организмов.
