Разбираем ошибки
Краткий состав на 1 л:
• TAE: 40 мМ Tris, 20 мМ уксусная кислота, 1 мМ EDTA (рассчитать)
• TBE: 89 мМ Tris, 89 мМ борная кислота, 2 мМ EDTA (рассчитать)

Частые ошибки и как их исправить:
1. Буфер слишком кислый (pH ниже нормы)
• Причина: добавлено слишком много уксусной или борной кислоты.
• Решение: добавить Tris-основный (Tris-ОН или раствор NaOH).

2. Буфер слишком щелочной (pH выше нормы)
• Причина: избыток Tris осн.
• Решение: добавить раствор уксусной (для TAE) или борной кислоты (для TBE).

Как быстро откорректировать pH?
• Снизить pH с 9 до 7: добавить уксусную (для TAE) или борную кислоту (для TBE).
• Повысить pH с 6 до 8: добавить раствор Tris-ОН или NaOH.

Точный pH = хороший электрофорез.
Ошибка в pH – это как неправильный пароль от Wi-Fi: вроде всё почти правильно, но ничего не работает.

Привет, юные учёные! Сегодня расскажем, как достать самую важную молекулу — ДНК. Представьте, что ДНК — это тонкая нитка, спрятанная внутри клетки.

Вот несколько крутых способов её извлечения:
1. Фенол-хлороформная экстракция
• Клетки заливаем специальным раствором, который как соковыжималка выжимает всё содержимое.
• ДНК отделяется от остальных частей клетки.
2. Магнитные помощники
• Используем магнитные частицы, которые притягивают только ДНК.
• Просто «вытащите» её магнитом!
3. Специальный фильтр
• Пропускаем ДНК через особый фильтр, оставляя всё лишнее на нём.
• Чистая ДНК проходит дальше.
4. Ферментный способ
• Используем ферменты, которые разрезают ненужные части, оставляя только чистую ДНК.
А ещё есть готовые наборы, как конструктор — просто следуй инструкции, как при готовке!
Рецепт выделения ДНК:
• Берём клетки (ингредиенты)
• Добавляем специальные растворы (специи)
• Ждём немного (как тесто для пирога)
• Готово!
Для чего это нужно?
• Помогать врачам находить болезни
• Лечить животных
• Выводить новые сорта растений
• Раскрывать преступления
• Изучать живые организмы
Самое крутое — можно получить чистую ДНК даже из капельки крови, клеток кожи или луковиц волос!
Лайфхак: Попробуйте «выделить» сок из апельсина дома — это похоже на один из методов выделения ДНК!

ПЦР (полимеразная цепная реакция) — это крутой метод, который помогает увеличить количество определённого участка ДНК. Это как если бы ты захотел сделать много копий своего любимого мемчика, только вместо мемчиков у нас ДНК. Этот метод используется в медицине, криминалистике и генетических исследованиях.

Как работает ПЦР?
Давай разберёмся, как это всё происходит шаг за шагом:
1. Денатурация: Представь, что ДНК — это пара, которая решила расстаться. При высокой температуре (около 94–96°C) две цепи ДНК разделяются, как бывшие, которые не могут больше видеть друг друга.
2. Отжиг праймеров: Затем температура понижается (около 50–65°C), и короткие фрагменты ДНК, называемые праймерами, присоединяются к нужным участкам, как новые друзья, которые приходят на помощь.
3. Элонгация: Теперь начинается веселье! Фермент ДНК-полимераза берётся за дело и синтезирует новую цепь ДНК, как будто собирает конструктор. Это происходит при температуре около 72°C.
4. Циклы повторения: Эти три шага повторяются много раз, как твои любимые песни на повторе. В итоге у нас получается много копий целевого фрагмента ДНК.
Где применяется ПЦР?
• Диагностика заболеваний: Например, чтобы обнаружить инфекции, такие как вирусы и бактерии.
• Генетическое тестирование: Чтобы узнать, есть ли у тебя предрасположенность к каким-то заболеваниям.
• Идентификация: Помогает идентифицировать животных и определять родителей у телят, ягнят, поросят и т.п. по образцам ДНК, как в детективных фильмах.
• Исследование генома: Как устроен геном, мутации и полиморфизмы. Это звучит сложно, но на самом деле это просто изучение того, как меняется ДНК.
Амплификаторы
Амплификатор — это как суперумный помощник, термостат, который автоматически проводит все эти циклы нагрева и охлаждения. Современные амплификаторы могут быть программируемыми, так что ты можешь настроить их под свои задачи, как настраиваешь свой плейлист!
Если у старшеклассников есть возможность работать с таким оборудованием, то это отличная возможность получить практические навыки в области молекулярной биологии. Так что не упустите шанс!

Почему полимеразная цепная реакция не может стать художником?
Потому что она только копирует, а оригинальности у нее не хватает!
Ингредиенты для "блинов из ДНК":
Шаблон ДНК — 1-5 мкл (как тесто для блинов, без него не обойтись!)
Праймеры — 0.5-1 мкл каждого (наши "начинки" для вкуса)
dNTPs — 1-2 мкл (сахар и соль для сладости)
Буфер для ПЦР — 5 мкл (молоко для теста)
Термостабильная ДНК-полимераза — 0.5-1 мкл (наш "повар")
Вода без нуклеаз — до 35 мкл (для нужной консистенции)

Процесс "выпечки":
1. В стерильной пробирке смешайте все компоненты, кроме шаблонной ДНК.
2. Аккуратно добавьте шаблонную ДНК.
3. Перемешайте смесь, избегая пузырьков.

Циклы "жарки":
Денатурация: 94-98°C, 20-30 секунд (разогреваем сковороду!)
Отжиг: 50-65°C, 20-40 секунд (тесто "прилипает")
Элонгация: 72°C, 30 секунд — 1 минута (блин подрумянивается)
Повторите цикл 25-35 раз (как жарить несколько блинов подряд).
Заключительная элонгация: 72°C, 5-10 минут (дайте блинам настояться).
Хранение: Храните "блины из ДНК" при -20°C до анализа.

Примечания:
Оптимальные температуры зависят от праймеров.
Объемы компонентов можно корректировать — добавьте больше начинки по вкусу!

Wolfram Alpha
Супер мощный инструмент, который решает практически любые математические задачи. Просто введи свой вопрос, и он выдаст ответ!
Symbolab
Отличный помощник для решения уравнений, интегралов и производных. Удобный интерфейс и понятные объяснения!
Photomath
Сфотографируй задачу, и приложение покажет решение. Идеально для студентов!
Mathway
Универсальный калькулятор для любой математики: от простых уравнений до сложных задач.
Cymath
Простой в использовании бот, который объясняет шаги решения. Подходит для школьников и студентов.
Desmos
Отличный графический калькулятор, который поможет визуализировать функции и уравнения.
GeoGebra
Мощный инструмент для изучения математики, который сочетает в себе графику, алгебру и статистику.
Khan Academy
Не только решает задачи, но и обучает. Отличные видеоуроки по математике!
Microsoft Math Solver
Приложение, которое помогает решать задачи и объясняет шаги. Можно вводить текстом или фотографировать.
Chegg Study
Помогает с домашними заданиями и объясняет сложные темы.

Хотите сделать изучение языков увлекательным и бесплатным? У нас для вас отличные новости! Я собрал лучшие чаты и боты, которые помогут вам в этом. Давайте разберемся, что к чему:
Google Translate
Легендарный сервис, который поддерживает перевод текста, изображений и разговорной речи. Просто загрузите картинку или введите текст, и вуаля!
Reverso Context
Не просто переводчик, а настоящий помощник! Он показывает примеры использования слов и фраз в контексте. Отлично подходит для изучения языка!
HelloTalk
Лучший чат для практики языка с носителями! Общайтесь с людьми со всего мира, учите друг друга и улучшайте свои навыки.
Tandem
Похож на HelloTalk, но с акцентом на языковое партнерство! Находите людей для общения по интересам и языкам.
Yandex Translator
Отличный переводчик, который поддерживает множество языков и может переводить текст, голос и изображения.
Busuu
Интерактивная платформа для изучения языков с возможностью общения с носителями. Очень удобно для практики!
Memrise
Целая платформа для изучения языков! Здесь есть курсы, игры и возможность общения с другими учениками.

DALL-E 2
Разработан OpenAI. Этот ИИ может создавать картинки по текстовым описаниям, и его работы часто просто впечатляют!
Midjourney
Работает через Discord и позволяет создавать красивые художественные изображения на основе текстовых подсказок.
Stable Diffusion
Открытая модель, которая даёт возможность генерировать качественные изображения. Можно использовать на своём компе и подстраивать под свои нужды.
Artbreeder
Платформа, где можно смешивать и изменять изображения, создавая уникальные произведения искусства.
DeepArt
Использует нейронные сети, чтобы превращать ваши фотки в стилизованные картины, вдохновлённые известными художниками

И, конечно, Яндекс и Сбербанк тоже предлагают свои интересные рисовалки!

Почему эти источники могут быть не лучшими?
Нет проверки информации: На этих платформах пишут много людей, и не всегда проверяют, что правда, а что нет. Это значит, что можно наткнуться на недостоверные данные.
Смешение фактов и мнений: Иногда факты могут быть перемешаны с мнениями или даже с ложной информацией. Это может привести к неправильным выводам, что не всегда безопасно.
Цензура: Некоторые платформы могут контролироваться недружественными странами, что тоже может повлиять на качество информации.
Consensus.app — это крутой инструмент, который помогает находить и анализировать научные исследования. Он отлично работает вместе с такими ресурсами, как Google Академия и Elicit, Zotero, Academy Phrasebank, литературой, оценивая ее значимость.

Инструкция по внесению данных в генетический паспорт, сколько он стоит хорошо видно из картинки, в общем все по возможностям и по желаниям!
Чтобы всё правильно внести в базу и генетический паспорт, следуй этим шагам:
1. Сбор данных
• Запиши риды (последовательности ДНК).
• Собери метаданные (инфу о пробе и условиях).
• Укажи референт для импутации.
2. Импутация
• Сделай импутацию с помощью референта.
• Запиши характеристики референта.
3. Внесение данных
• Введи обработанные данные в систему.
• Проверь, чтобы всё было в правильном формате.
4. Проверка
• Убедись, что все данные введены правильно.
• Сохрани изменения в генетическом паспорте.
Что нужно внести в генетический паспорт:
• Риды (последовательности ДНК)
• Метаданные (инфа о пробе и условиях)
• Используемый референт для импутации
• Характеристики референта
• Результаты импутации (прогнозы генотипов)
• Качество данных (оценка точности)
• Дата и время анализа
• Идентификационные данные образца (номер образца, инфа о животном)
Следуй этой инструкциии все будет правильно!

Задумывались ли вы, как современные технологии помогают нам лучше понять наших коров? Сегодня мы расскажем о секвенировании нового поколения (НГС) и о том, как это помогает в определении пород и генетических особенностей.
Секвенирование нового поколения (NGS)
Что это?
NGS — это современный метод, который позволяет быстро и точно определять последовательности ДНК. Это как получить полное досье на вашу корову за считанные часы!
Как это работает?

1. Сначала берется образец ДНК из крови, волос или ткани коровы. Процесс абсолютно безопасен для животных.
2. Затем с помощью специальных технологий мы можем «прочитать» всю ДНК коровы. Это похоже на чтение вашей любимой книги, только здесь речь идет о генах.
3. После этого полученные данные анализируются с помощью мощных компьютеров и программ, которые обрабатывают большие объемы информации. Это как если бы у вас был суперумный помощник, который знает всё о ваших коровах.

NGS позволяет не только определить породу, но и выявить генетические особенности, которые могут влиять на здоровье и продуктивность. Так что, если ваша корова начнет удивлять вас своими способностями, вы будете знать, почему!
Теперь вы знаете, как НГС помогает нам лучше понять коров. В следующем посте мы расскажем о микрофлюидике и секвенировании даже одной клетки — не пропустите!

Интересный случай: тексты, которые сохранили, служат уроком для учеников и тех, кто хочет учиться.
У руководителей блогов тоже есть примеры с цифрами и картинками. О картинках поговорим позже, но важно учитывать мнение людей, чтобы не обидеть их.
Проблема с чиновниками заключается не только в том, что они пишут наивные посты и верят в то, что говорит нейросеть. Они используют это в своих презентациях. Этот процесс неуправляемый, и мало кто может отличить реальный материал от подделки.
Сложные геномные модели могут проверить только настоящие специалисты с помощью моделирования и нейросетей, но это представляется как работа с геномом в сельском хозяйстве. Это может вызвать недовольство у важных людей, читающих этот блог.
Ошибаться можно, но врать нельзя. К сожалению, многие думают, что это прокатит, но селекция и эволюция — это жесткие вещи, а мировая экономика ещё жестче.
Если кто-то хочет научиться нейросетям, рисовать или считать математику, стоит помнить, что это хорошие помощники, но они не заменят специалиста.
Что касается нейропереводчиков, они требуют корректировки и обучения. При переводе больших текстов для черновой работы это вполне рабочие инструменты. В обучении языкам произошла настоящая революция, и слава Богу! Но ИИ уже умнее человека и быстро учится, а процесс контролируется развитыми странами. Секретные и стратегические разработки, особенно в сельском хозяйстве, не показывают.
То, что разрабатывается в России под названиями "умный интернет вещей" и "ИИ для управления животноводством", к сожалению, находится на начальном этапе, несмотря на красивые слова. Надеемся, что наши лучшие ИТ-специалисты быстро обучатся и это изменится, если будем работать вместе.

Результаты эвристического анализа текстов в файле.
Файл содержит задачу, указанную и доступную в России и использованную, вероятно, в приведенных примерах блогов и статей, модель ИИ модель (YaGPT 5 Pro), простой промпт стимуляции и постановки задачи, результат анализа.
На основе этого алгоритма можно построить другие более сложные модели для проверки стилистики, грамматики текста, переводов, фразеологии, логики изложения и других интересных и увлекательных, а также рутинных задач.
Можно безопасно скачать и занудно ознакомиться .

Создание базы данных для хранения данных генотипов сельскохозяйственных животных, включая микросателлитный анализ, маркерную селекцию, секвенирование и картирование по генетическим чипам, требует тщательного планирования и структурирования данных. Вот основные моменты по форматам данных, которые стоит учесть:
Форматы данных
Микросателлитный анализ:
• Формат: текстовые файлы (например, *.csv, *.txt).
• Структура: идентификатор особи, маркер, генотип (например, 1/1, 1/2, длины 126/128, 131/131 или буквы A/A, A/B, A/F).
Маркерная селекция:
• Формат: csv или Excel.
• Структура: идентификатор особи, маркер, генотип, вероятности или баллы.
Секвенирование low-pass, 5х, 30х:
• Формат: *.FASTQ или *.BAM.
• Структура: идентификатор образца, последовательности, качество.
Секвенирование как картирование геномов:
• Формат: VCF (урезанный относительно референта Variant Call Format).
• Структура: идентификатор особи, хромосома, позиция, аллели, качество.
Картирование по генетическим чипам (Illumina, Affymetrix):
• Формат: *.txt или *.csv.
• Структура: идентификатор особи, SNP, генотип, интенсивность сигналов. Можно сразу работать в формате plink, но с обязательным сохранением файлов с прибора.
Объем данных
Объем данных может варьироваться в зависимости от количества образцов и маркеров. Например:
• Микросателлитный анализ: несколько мегабайт для небольшого количества образцов.
• Данные секвенирования: могут достигать гигабайтов, особенно при высоком разрешении.
• Генетические чипы: от сотен мегабайт до гигабайтов в зависимости от количества SNP.
Структура базы данных
Рекомендуется использовать реляционную базу данных (например, PostgreSQL или MySQL). Возможные таблицы:
• Animals: идентификатор, порода, дата рождения и другие характеристики.
• Markers: идентификатор маркера, тип (микросателлит, SNP и т.д.), хромосома, позиция.
• Genotypes: идентификатор особи, идентификатор маркера, генотип.
• SequencingData: идентификатор образца, формат данных, путь к файлу.
• Phenotypes: идентификатор особи, фенотипические данные.
Инструменты и технологии
Язык программирования: Python или R cran для обработки и анализа данных. СУБД: PostgreSQL, MySQL для хранения данных. Инструменты анализа: PLINK, GATK для работы с генетическими данными.
Хранение и доступ
Требуется резервное копирование и система контроля версий. Реализуйте веб-приложение - интерфейс для удобного и безопасного доступа к данным (например, политика доступа и LAMP).

Сегодня поговорим про PDF-файлы и как они работают, а ещё о том, как их можно подделывать. Это реально важно, особенно если ты интересуешься программированием или дизайном.
PDF — это такой формат файлов, который придумали ребята из Adobe. Он позволяет сохранять документы так, чтобы они выглядели одинаково на любых устройствах. Это просто огонь, потому что ты можешь отправить файл другу, и он увидит его точно так же, как ты! В PDF можно закинуть текст, картинки и даже графику, так что это идеальный вариант для документов, которые нужно распечатать или просто поделиться.
Adobe Illustrator & InDesign — это просто бомба! Это программа для создания векторной графики, которая нужна, чтобы делать макеты иллюстраций, плакаты, книги и учебники с иллюстрациями. Когда проект готов, он экспортируется в PDF или PostScript, чтобы все могли увидеть твою работу именно так, как ты задумал!
Постпринт — это этап, который происходит после вёрстки до печати. После того как документ напечатан, его нужно обработать, чтобы он выглядел на все сто. Это может включать создание макетов и раскладок учебников для печатного станка, цветовых гамм, фона, раскладки цветов под каждый ролик принтера, защиты и разметки макета.
Метаданные — это вся инфа о документе, которую можно найти в PDF-файле. Это как паспорт для документа! В метаданных можно увидеть:

• автора: кто создал файл;
• когда был создан документ;
• что изменено, когда и где его последний раз редактировали;
• программное обеспечение: какая программа использовалась для создания файла;
• тему: краткое описание содержания документа;
• ключевые слова: слова, которые помогают найти документ.

Эти метаданные реально важны, потому что они могут помочь понять, откуда документ пришёл и какие изменения в нём были сделаны.
В PDF-документе информация располагается так:

• Метаданные хранятся в заголовке документа. Они важны, если нужно разобраться с подделкой.
• Содержимое страниц — каждая страница создаёт свой поток содержимого, который включает текст и изображения. Это значит, что каждая страница уникальна.
• Каждый текст, изображение или аннотация — это отдельные объекты, которые можно редактировать.

Существует несколько типов PDF-файлов, и каждый из них для своих целей:

• PDF/A: это стандарт для архивирования документов. Он гарантирует, что файл будет выглядеть одинаково в будущем, независимо от того, какое ПО используется. Такие файлы часто нужны для хранения важных документов, например, учебников, юридических или финансовых.
• PDF/X: этот стандарт для передачи макетов печатной продукции. Он помогает обеспечить точность цветопередачи и совместимость с разными устройствами печати. PDF/X-файлы часто используют в полиграфии и дизайне.
• PDF/E: этот стандарт для инженерных документов, таких как чертежи. Он применяется в архитектуре и инженерии для обмена сложными графическими данными.
• PDF/UA: этот стандарт делает PDF-документы доступными для людей с ограниченными возможностями.
• Стандартные PDF: это обычные PDF-файлы, которые могут содержать текст, изображения, аннотации и формы. Их используют для обмена документами, отчётами и презентациями обычные люди.

Подделка файлов вёрстки и PDF-макетов — это реально серьёзная тема, особенно в нашем цифровом мире. Поскольку PDF-файлы часто используются для передачи важных документов, таких как книги, учебники, авторские дизайн-макеты, контракты и отчёты, то их подделка может иметь очень серьёзные последствия для всех — от школьников до работников органов власти и издательств.

Злоумышленники научились виртуозно манипулировать PDF-файлами. Они могут подделать метаданные документа – всю информацию о том, кто и когда его создал. И вы даже не догадаетесь, что держите в руках подделку!
С помощью специальных программ злоумышленники могут менять текст и изображения в PDF-файлах так, что ни один человек не заметит подмены.
Они могут:

• Изменить карту России в школьном атласе географии
• Подменить текст в учебнике истории или литературы
• Фальсифицировать письмо от президента или главы крупной компании

А знаете, что самое неприятное? Злоумышленники могут создать абсолютно новый PDF-документ, который будет выглядеть точь-в-точь как оригинал, но содержать ложную информацию. И даже контрольные суммы могут быть подделаны!

Как они это делают? Один из популярных методов – сканирование оригинальных документов. После этого файл можно спокойно редактировать, а потом сохранить обратно в PDF. И вот уже никто не скажет, подделка это или нет.
Но не всё так плохо! В мире существует несколько эффективных способов борьбы с подделками PDF-документов. Главные помощники в этом деле – цифровые подписи и QR-коды, современные программы и шифрование. Это как личная печать царя, только современнее и надёжнее. С их помощью можно быть уверенным, что документ не трогали посторонние руки.
Давайте заглянем под капот PDF-документа и посмотрим, как он устроен изнутри. Представьте себе многоуровневый пирог, где каждый слой имеет своё значение:
PDF-документ состоит из различных элементов:

• Текст (обычный или оформленный разными шрифтами)
• Изображения (фотографии и рисунки)
• Аннотации (заметки и комментарии)
• Формы (поля для заполнения)

Структура PDF-документа имеет три уровня:

1. Верхний уровень – сам документ с метаданными
2. Средний уровень – отдельные страницы
3. Нижний уровень – объекты на странице (текст, картинки, заметки)

И знаете что? Всё это можно защитить! Adobe предлагает функции защиты – пароли, шифрование. Но вот незадача: многие госучреждения и издательства ими просто не пользуются! Это как оставить сейф открытым в банке – звучит абсурдно, правда?
И вот что особенно обидно? На рынке полно зарубежных программ для работы с документами, а отечественных решений, которые бы учитывали нашу специфику и требования к безопасности, – раз-два и обчёлся. Прямо как с доставкой еды в маленьком городке – выбор есть, но своего почти нет.
Так что же делать? Пора создавать современные решения для защиты документов, которые будут работать как швейцарские часы, но с русским характером (IDX, SmartEngines). Потому что в эпоху цифровых технологий безопасность официальных документов, учебников, диссертаций, генетических данных – это критически необходимо.